В настоящее время в постоянной экспозиции Зоологического музея Учебно-научного музея ДВФУ можно увидеть более 3000 видов животных, размещенных в систематическом порядке. Наиболее крупные коллекции представлены моллюсками – 800 видов, насекомыми – более 600 видов, рыбообразными и рыбами – 330 видов и птицами – 300 видов. Экспонаты сгруппированы по трем отделам: беспозвоночные животные; птицы и млекопитающие; рептилии, амфибии и рыбы. Экспонаты размещены в 55 современных витринах на площади 370 кв. м.
В отделе беспозвоночных представлены губки – более 50 видов. Самая крупная из них кубок Нептуна, привезенная из Южно-Китайского моря. Изящный ажурный скелет губки – корзинка Венеры (сем. Euplectellidae) является украшением коллекции.
Обширная коллекция кораллов представлена 136 видами, из которых высоко ценятся скелеты красного и черного кораллов, редок солнечный, или голубой коралл – Heliopora cerulea.
В коллекции иглокожих насчитывается около 120 животных из 5 классов. Вызывают интерес редкие экземпляры: еж-альбинос – Strongylocentrotus nudus, звезда-альбинос (гребешковая патирия) и частичный альбинос – дальневосточный трепанг, из залива Петра Великого.
Коллекция моллюсков Зоомузея одна из самых многочисленных. Жемчужины коллекции – золотая ципрея (Cypraea aurantium), конусы Слава Индии (Conus milneedwardsi) и Слава морей (Conus gloriamaris), самый крупный двустворчатый моллюск – тридакна гигантская (Tridacna gigas), обитатель коралловых рифов. Экземпляр, представленный в музее, имеет раковину длиной 90 сантиметров.
Большая часть коллекции насекомых представлена бабочками (330 экз.) и жуками (150 экз.). Среди бабочек можно увидеть ярких представителей семейства Морфиды из Южной Америки и одну из красивейших бабочек семейства Ураний – Chrysiridia madagascariensis с острова Мадагаскар. Самая крупная бабочка в коллекции – павлиноглазка Атлас – Attacus atlas из Юго-Восточной Азии, с размахом крыльев до 25 см. В коллекции жуков представлены жужелицы местной фауны, а также жужелица-листовидка – Mormolyce phyllodes из Малайзии и редкая жужелица Маннергейма из Средней Азии, один из самых крупных жуков мира геркулес – Dynastes neptunus из Южной Америки, имеющий длину до 15 см. Украшение коллекции – жуки-усачи: самый крупный жук в фауне России – реликтовый усач – Callipogon relictus длина его тела более 10 см и голубой усач – Rosalia coelestis.
В экспозиции насчитывается более 140 экземпляров ракообразных. Здесь и самые низкоорганизованные усоногие раки – Cirrepedia и представители высших ракообразных – равноногий рак, гигантская мокрица – Bathynomus, достигающая 27 сантиметров в длину. В экспозиции представлены мечехвосты из Южно-Китайского моря – живые ископаемые, появившиеся на Земле более 400 млн. лет назад.
Неизменное внимание в коллекции рыбообразных и рыб привлекают акулы, которые представлены 26 видами из 13 семейств и 5 отрядов. Раритеты коллекции: глубоководная малоизученная акула-домовой – Scapanorhynchus owstoni и зуб вымершей акулы Carcharadon megalodon. Не менее интересны плащеносная акула – Chlamydoselachus anquineus, морской ангел – Squatina australis, карликовая глубоководная акула – Squaliolus laticaudatus и др. Самые многочисленные в коллекции – окунеобразные, которые представлены 84 видами из 47 семейств.
Рептилии представлены 86 видами, среди которых имеется и самый крупный представитель ДВ фауны - амурский полоз. В витрине «Земноводные» размещаются 25 видов, здесь есть представители отрядов хвостатых и бесхвостых амфибий.
В богатейшей орнитологической коллекции представлено более 300 видов птиц из 24 отрядов. Многочисленны представители семейства воробьиных (84 вида). Среди видов, занесенных в Красную Книгу – черный гриф, белохвостый и белоплечий орланы, хохлатый орел, беркут. Вызывает интерес посетителей чучело океанической птицы странствующего альбатроса с размахом крыльев более 3 м.
Среди 120 экземпляров млекопитающих из 16 отрядов выставлены антарктические виды редкие в отечественных музеях: морской леопард – Hydrurga leptonix, тюлень Росса – Ommatophoca rossi и тюлень-крабоед – Lobodon carcinophagus, а тюлень Рихарда, или антур – Phoca vitulina kurilensis найден только у Курильских островов. Представлены и ископаемые останки вымерших животных: бивень, зуб и бедренная кость мамонта, часть черепа шерстистого носорога, а также фрагменты скелета стеллеровой коровы.